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新冠疫情期间迅速崛起的预印本平台利弊皆显。在「及时分享」与「质量把关」之间,它和传统学术出版行业都在寻找着平衡点

一场史无前例的新冠疫情,让一种后起的科研论文发表平台——预印本网站的影响力大增,争议也随之而来。

2020 年 1 月的最后一周,学术界两次关于新冠肺炎疫情研究进展的大讨论,都与一个网络平台上的研究论文有关。1 月 23 日,中国科学院武汉病毒所石正丽团队在预印本网站 bioRxiv 在线发表题为《一种新型冠状病毒的发现及其可能的蝙蝠起源》的研究论文。该研究显示,蝙蝠最有可能是新冠病毒的自然宿主,在一种中华菊头蝠体内发现的冠状病毒 RaTG-13 与新冠病毒在全基因序列上的相似度高达 96.4%。该论文在 2 月 24 日正式发表于顶级学术期刊《自然》杂志之前,已被引用了 156 次。

1 月 31 日,世界卫生组织正式宣布,将此次新冠肺炎疫情列为「国际关注的突发公共卫生事件 (PHEIC)」,部分初步依据正是来自于预印本平台上的研究。但就在同一天,印度理工学院德里分校的研究团队在 bioRxiv 上发表研究,怀疑新冠病毒被插入艾滋病病毒的关键氨基酸序列,暗示新冠病毒可能由「人工合成制造」。该文一出,多名病毒学和基因组学等领域的权威科学家在社交媒体上发文反驳,该论文上线后不到两天即被撤稿,但此后已在推特上被讨论了超过 1.7 万次,并被 25 家新闻机构报道。此后数月间,「病毒人工合成论」仍在全球各地甚嚣尘上。

预印本 (preprint),通俗地说就是一份完整的论文初稿,包括完整的图表和数据。大多数预印本在上传至预印本平台后都有一个数字对象标识符 (DOI),因此即便尚未经过同行评审 (peer review) 正式出版,也可以在其他研究论文中被引用。与传统期刊动辄几个月的审核流程相比,预印本论文一般只需要几天就可以发表,能尽快帮助政府和民众防控疫情,也利于科学共同体之间高效沟通,因此成为诸多研究者的首选。

新冠疫情期间,预印本平台大出风头,显现出对传统学术出版业的冲击。截至 5 月下旬,在几大预印本平台上与新冠肺炎有关的预印本论文数量已超 5000 篇,可谓汗牛充栋。但如同硬币的两面,预印本论文的井喷也造成了一些不严谨的低质量论文被广泛传播和过度解读,引发负面后果。人们担心,在事关健康与生命的医疗领域,一些未经证实的治疗方法发表甚至可能酿成灾难性后果。

鱼和熊掌不可兼得,在「及时分享」与「质量把关」之间,预印本平台和传统学术出版行业都在寻找着平衡点。

预印本平台应运而生

预印本平台崛起之前,在《自然》《科学》《细胞》等学术期刊上发表研究论文,是科学界主要的学术交流模式,出版界和学术界也建立有一整套专业化的学术论文发表规范,包括一稿不能多投、稿件发表前要进行严格的同行评审等。然而,在这套标准化、流程化的出版规范被科学界认可之前,所谓的「预印」和「正式发表」,似乎并没有清晰的边界。

17 世纪欧洲的科学革命,让人们对物理、天文、生物、数学、医学及化学的观念经历了根本性的变化。1660 年成立的英国皇家学会首要任务之一,就是鼓励科学家们重视思想交流。1868 年,《自然》杂志诞生,它的科学观点和编辑模式都曾和当时的环境格格不入。《自然》最初并没有设立例行的同行评审机制,研究是否真实完整,其责任完全由作者承担。

到 20 世纪中叶同行评审有了更加标准化的流程之前,许多期刊都没有同行评审。比如,沃森和克里克 1953 年发表的 DNA 双螺旋结构研究,就没有被同行评审过。而《自然》杂志直到 1967 年才开始进行例行的同行评审。此后,科学出版的流程逐渐标准化,也催生了诸多大型科技期刊出版商。

但这也引起了新的批评。《国外科学数据开放获取研究》一书中提到,出版商通过垄断学术资源获取超额利润,严重影响了科学知识的自由传播,阻碍了知识生产能力的提高。根据 EBSCO 信息服务公司对 2008-2012 年美国研究型大学图书馆的调查显示,五年间学术期刊价格上涨超过 28%,远超过消费指数增幅,造成了图书馆的「期刊危机」。即使在电子期刊出现后,出版商也设立了许多限制,将图书馆订购的电子期刊使用限制在订购机构的局域网内,形成所谓的「许可危机」。过去几十年中,数字期刊的订购费用增幅远高于通货膨胀率。

与危机相伴相生的是革新,「开放获取」 (open access) 运动席卷了全球学术界和出版界。2001 年 12 月,《布达佩斯开放获取倡议》通过,它明确了开放获取的内涵,同时提出将作者自存档的预印本和开放期刊作为开放获取的两种基本实现策略。随着「开放获取」理念的普及,众多投资机构和政府发布了强制性政策,要求政府资助的研究人员允许其论文开放获取。

预印本的出现进一步打破了游戏规则。研究者可以先把未经评审的学术论文直接发布到一个网络开放平台上,通过基本审查后便可以供同行、公众或媒体免费访问和使用。同时,这些预印本论文又可以提交给学术期刊,通过同行评审后作为学术论文正式发表。将论文发布到预印本平台的作者们,还可以根据同行修改的意见修改初稿,并在预印本服务器上进行多次更新。

一般认为,最早的预印本平台是美国洛斯阿拉莫斯国家实验室 (LANL) 在 1991 年建立的 arXiv.org,目前由美国康奈尔大学维护和运营。迄今该平台已经储存了数学、物理学和计算机科学方面的论文超过 50 万篇,均可开放获取。但根据《科学》杂志 2017 年的报道,生物医学界早在上世纪 60 年代就开始了这项实践。1961 年开始,美国国立卫生研究院 (NIH) 一位 70 岁的行政长官 Errett Albritton 组建了一个「信息交流小组」 (IEG),由在同一子领域工作的科学家组成。参与者将论文手稿发送给 NIH,NIH 将其复印并邮寄给小组成员。就像今天的预印本平台一样,这个想法是为了促进科学家之间的交流,并在研究结果发表在期刊上的几个月前将其传播出去。

此后的五年,NIH 成立了七个交流小组,共有 3663 名来自美国和国外的成员,交换了 2561 份备忘录,其中一半以上的论文还没有被期刊同行评审。这些文件被认为是机密文件,但如果作者允许,可以在组外提交。参与该计划的一名研究员提到,由于商业和非营利期刊出版商的反对,该项目没有持续下去。1966 年,美国免疫学家协会称 IEG 对免疫学期刊来说是「真正的危险」。当年年底,13 家生物化学期刊表示,不接受此前通过 IEG 备忘录共享的论文,IEG 被迫关闭。

自上世纪 90 年代以来,预印本平台不断涌现。继 1991 年出现的 arXiv.org 之后,2013 年 4 月 PeerJ Preprints 成立,成为当时首个生物及生命科学领域的预印本平台,但该平台后于 2019 年 9 月底停止接收预印本。2013 年 11 月,由美国冷泉港实验室成立的生命科学预印本平台 bioRxiv 上线,不断发展壮大至当今最大的生命科学领域预印本平台。bioRxiv 官方数据显示,2018 年 10 月,其服务器当月下载量超过 100 万,也被《科学》杂志评为 2017 年度十大「科技突破」之一。2016 年,化学预印本平台 ChemRxiv 上线。2019 年 6 月,美国冷泉港实验室、医学出版商 BMJ 和耶鲁大学联合运营的医学预印本平台 medRxiv 上线。

大多数预印本平台挂靠于高校之下,比如物理学领域的 arXiv.org 由美国康奈尔大学提供支持。还有一些则隶属于期刊出版商,比如 2019 年 4 月外科开放科学平台 (Surgery Open Science) 属于荷兰出版商爱思唯尔 (Elsevier)。近几年,诸如盖茨基金会及维康信托基金会等关注科学开放的慈善基金会也相继设立了开放研究平台。

深刻影响学术出版业

2020 年 1 月 11 日上午,悉尼大学进化生物学家 Edward Holmes 代表复旦大学附属上海市公共卫生临床中心张永振教授团队,在病毒学同行交流网站 virological 上公开了该团队 1 月 5 日测定的新冠病毒全基因组序列。这组公开在 virological 网站上的基因序列严格意义上讲属于「未经评审的数据」 (pre-reviewed data),但却能帮助全球科学家第一时间获取新冠病毒的基因序列,并展开相关研究。

「疫情的发展很迅猛,张永振团队这样做的目的,是根据基因序列分析发现这个病毒和 SARS 很像,希望让全球的研究机构能下载该病毒基因序列进行分析,早日开展诊断试剂、药物疫苗研发等多项工作。就像公卫中心 1 月 5 日发现是类 SARS 病毒后立即向国家卫健委和上海市卫健委汇报一样,是出于科学家的良知。」一位接近该团队的人士对财新记者称。事实上,张永振团队关于新冠病毒的第一篇论文,是 2 月 3 日傍晚由《自然》杂志以「加快评审文章」 (Accelerated Article Preview) 形式,在线「背靠背」与中科院武汉病毒研究所石正丽团队的论文同时发表的,这是《自然》首次以正式论文的形式发表关于新冠病毒的研究。

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