新冠病毒与新冠肺炎获正式命名 WHO称可去污名化
原文链接 备份链接 【财新网】(记者 徐路易)新冠病毒正式得名SARS-CoV-2,它引起的疾病则被正式命名为“COVID-19”。当地时间2月11日,国际病毒分类委员会(ICTV)发表声明,根据系统发育、分类学和已有的经验,冠状病毒研 …
随着新冠肺炎(COVID-19)感染病例在近日突破 70,000 大关、中国疾控中心发迄今最大新冠病例分析、首次描述肺炎发病流行曲线,越来越多的新冠疫情爆发细节浮出水面。
与此同时,先前颇有群众基础的新冠病毒人为干预流言也正在被科学事实逐一反驳。例如,新冠病毒乃“合成”。
近日,几位业内知名科学家就联合发表了一篇预印本论文,详细分析了新冠病毒(SARS-CoV-2)中两个疑似人为干预的特征。最终,研究者认为,新冠病毒不是制造而泄漏的病毒,而是病毒自然进化的产物。
文章题为“The Proximal Origin of SARS-CoV-2”,据悉目前已经进入投稿阶段。但 DeepTech 电邮团队尚未得到更多回复。
这篇文章的合作者也可谓“群星闪耀”,既有被 Discover 杂志誉为“全球最知名病毒猎手”、哥伦比亚大学教授 W. Ian Lipkin,也有来自著名研究机构博德研究所的传染病遗传学家 Kristian G. Andersen,爱丁堡大学生物进化研究所进化生物学家 Andrew Rambaut 教授。
预印本论文一经公布,在推特上,众多著名病毒学家如哥大教授 Vincent Racaniello 都纷纷转载并支持,并大赞这个研究提供了对新冠病毒人为干预的强有力反击。
疑点分析:病毒并非算法所预测的最优化,而更像自然选择
目前已知有七种冠状病毒可感染人类,而这次的新冠病毒则是第 7 个成员。
其中,CoV-229E,-OC43,-NL63 和 - HKU1 在人群中普遍流行,通常引起普通感冒症状,另外三种 SARS-CoV、 MERS-CoV,以及此次的新冠病毒都具有严重的危害性,可导致重症肺炎甚至致死。
而引发新冠病毒合成论的一大疑点正在于,新冠病毒对人的 ACE2 受体具有高度亲和力。ACE2 受体是人与冠状病毒结合的关键部分,也就是说,病毒与人 ACE2 受体结合的亲和力越高,则病毒的传播性越强。
近日,来自美国得克萨斯大学奥斯汀分校发表的研究就详细分析了新冠病毒的 S 蛋白结构,还利用表面等离子共振技术(SPR)分析 S 蛋白与 ACE2 的亲和力。
图丨 SARS-CoV-2S 蛋白残基的突变(来源:http://virological.org/)
结果发现,新冠病毒的 S 蛋白与 SARS 病毒在结构上存在差异,但整体相似度高。并且新冠病毒的 ACE2 蛋白与新型冠状病毒的亲和力是 SARS 病毒的 10 到 20 倍,这也是为什么新冠病毒的传染性更强。
而决定这种特性的某些关键氨基酸突变,与此前一些研究中预测可用于增强亲和力的氨基酸突变一致,因此,有传言称,这是由实验室定向突变而生成的病毒。
但这篇辟谣的最新研究论文提出,新冠病毒 S 蛋白与 ACE2 受体结合的关键部分为受体结合域(RBD),RBD 中的 6 个氨基酸残基决定了冠状病毒感染宿主的物种范围。
与具有 96% 基因序列相似度的菊头蝠冠状病毒相比,新冠病毒的 6 个残基(对应为 L455、F486、Q493、S494、N501 和 Y505)有 5 个发生了突变,这解释了新冠病毒与人类、非人灵长类、雪貂、猪、猫等 ACE 受体具有高亲和性,但菊头蝠冠状病毒却不感染人类的现象。氨基酸 F486 的出现,更像是新冠病毒针对人类和其他动物宿主发生的一个自然的进化突变。
并且,新冠病毒与 ACE2 的亲和力虽高,但其 RBD 还不是最完美的选择。有科学家曾对 ACE2 受体蛋白进行结构生物学分析,并预测了与其匹配程度最高的氨基酸序列,这与在新冠病毒 RBD 中发现的不同。新冠病毒 RBD 中的几个关键氨基酸残基与计算生物学预测的最适合结合人 ACE2 受体的氨基酸残基完全不同。
简而言之,正如文章作者之一 Andrew Rambaut 所言:“关键在于这个病毒非常适合感染人类,但是它感染人类的方法并不是计算模型当前所给出的最优化答案”。如果是邪恶的生物学家想要制造这样一种致命病毒,这个选择显然不是最好的办法。
图丨近日,西湖大学周强实验室利用冷冻电镜技术成功解析此次新冠病毒的受体——ACE2 的全长结构,这是世界上首次解析出 ACE2 的全长结构。ACE2 是新冠病毒侵入人体的关键(来源:西湖大学)
研究团队的另一个发现在于,新冠病毒存在着不寻常的多碱基切割位点,而这些位点仅和低致病性禽流感病毒在细胞或动物中长时间多代传播后才存在,且其中存在的 O-linked 聚糖结构无法通过实验室细胞培养方式获得,通常需要免疫系统的参与。
基于上述对新冠病毒的基因组分析,团队明确写道:“重要的是,该分析提供了证据,表明新冠病毒既不是实验室内的产物,也不是manipulated virus”(Importantly, this analysis provides evidence that SARS-CoV-2 is not a laboratory construct nor a purposefully manipulated virus)。
那么,病毒究竟起源于哪,又将如何演化?
团队给出了两个他们认为可以关注的方向。
溯源刻不容缓
一种可能在于,在传染给人类之前,新冠病毒已在非人类动物宿主中进行自然选择并发生变异。
因为新冠肺炎在武汉华南海鲜市场爆发,因此此地可能存在动物传染源。而且,新冠病毒与蝙蝠 SARS 病毒序列相似度极高(尤其是 RaTG13),那么蝙蝠作为病毒的一个来源也是有据可依的。
但需注意的是,先前在人类中爆发的冠状病毒,其传播链中都有蝙蝠以外的动物,例如 SARS-CoV-1、MERS-CoV。以此类推,与新冠病毒密切相关的病毒可能正在一种或多种动物中传播。
图丨新冠病毒正在全球传播。上述模型显示了新型冠状病毒从北京国际机场传播到世界各地机场的最有可能的路线。气泡的大小代表了每个机场的相对风险(来源:DIRK BROCKMANN)
初步分析表明,最近在非法进口到广东的马来穿山甲中发现冠状病毒,其中 S 蛋白 RBD 的 6 个重要残基与 SARS-CoV-2 一致。但尚未鉴定出整个马来穿山甲冠状病毒基因组都与新冠病毒足够相似,以支持直接人类感染。另外,穿山甲冠状病毒也不存在多碱基切割位点插入。因此,对可疑动物源的冠状病毒筛查,将是溯源的重点。
另一种可能在于,新冠病毒的 “祖先” 从非人类动物直接跃迁至人类。
这一种推测将更为可怕,因为,这意味着新冠病毒在进化出高度的 “适人性” 上天赋异禀:无症状的新冠病毒祖先在人类群体中悄悄传播,直到突变后引发肺炎疫情爆发。目前为止,所有测序的新冠病毒基因组都具有显著的 RBD 和多碱基切割位点,不同样本中的新冠病毒基因序列具有高度同源性,说明其具有共同祖先。具有上述基因组特征是通过在人与人之间的传播过程中进行适应而获得的。
我们如何测试新冠病毒的秘密传播增强了其对人类的适应性?回顾性血清研究可能会提供参考,并且我们已经看到一些此类研究正在进行。
Andrew Rambaut 在其推特中强调,新冠病毒具有任何已知蝙蝠病毒都没有的功能,它可能起源于更早种类的蝙蝠,但之后在另一种宿主中得到进化。目前尚不明确的是,它是否是在与人类高度相似(细胞 / 分子水平)的非人类动物上进化获得这种高度的“适人性”。
文章也提到,控制疫情、寻找其他更直接的中间宿主以防止再次爆发将是当务之急。
科研人员开启反击行动,《柳叶刀》刊登信件:支持中国公卫专业人员
Andrew Rambaut 所在的这支团队公开这篇研究不久,便获得了许多专业人员的认可,其中不少人都在推特回复中表示“阴谋论可休矣”。
图丨此前的一篇印度论文曾称新冠病毒非自然形成,现已撤回(来源:bioRxiv)
在中国出现 COVID-19 的事件之后,有关该病毒起源的谣言、误传的传播令国内、国际上的科学家感到沮丧。这些谣言专门针对科学家和卫生专业人员,尽管他们中的一些人为抗击这一疾病付出了极大的努力,并以快速、开放性和透明性共享数据。
但是,错误信息有可能破坏广泛的全球合作,而这种合作对于抗击这已在各大洲蔓延的新冠疫情至关重要。
现在,全球一批科学家开始号召用科学反击此次疫情中出现的种种险恶言论:来自 8 个国家的近 27 位公共卫生科学家小组在《柳叶刀》上写信以支持与新冠肺炎作斗争的中国科学家、公共卫生和医学专业人员,并全面抗击其中的险恶言论。
这些科学家包括 Jeremy Farrar OBE 爵士,Jim Hughes(前助理外科医师,CDC NCID 前负责人,美国海军上将后公共卫生服务部),Rita Colwell(美国国家科学基金会前负责人)、Sai Kit Lam(美国国家医学科学院教授、马来西亚医学科学院院士,共同发现了 Nipah 病毒)、John Mackenzie(澳大利亚教务长,WHO GOARN 指导委员会成员),Jerry Keusch 博士(前 NIH Fogarty 国际中心负责人)以及传染病研究和公共卫生领域的其他领导者。
他们发布这封信的目的,是在新冠疫情爆发的关键时刻尽可能扩大受众范围,以消除毫无根据的谣言,并且鼓励和声援中国同行。
以下为信中文版内容:
-End-
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参考:
http://virological.org/t/the-proximal-origin-of-sars-cov-2/398
https://www.thelancet.com/lancet/article/s0140-6736(20)30418-9
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