华南海鲜市场不是病毒发源地,中科院团队基因追踪“零号病人”再进一步
原文链接 备份链接 图片来源:新华社 作者:DeepTech 孙滔 本文授权转载自DeepTech(ID:deeptechchina) “ 华南海鲜市场的新冠病毒来自其他地方,这个结论有了基于基因序列的证据。 ” 华南海鲜市场的新冠病毒来 …
一档台湾地区 EBC 东森财经新闻的节目视频火了。该节目谈及新冠病毒源头,结论赫然将源头指向美国。其主要依据正是中国科学院西双版纳热带植物园等机构于 2 月 19 日在 ChinaXiv 网站上发布的那篇论文。
在那篇论文里,研究人员分析 93 个新型冠状病毒样本基因组数据后得到 58 种单倍型(基因类型)中,其中来自华南海鲜市场患者样品单倍型与 H1 有关,而作为更古老的基因类型样本 H3、H13 和 H38 则来自华南海鲜市场之外。作者认为,这印证了华南海鲜市场不是病毒发源地的推论。_该研究详情见《华南海鲜市场不是病毒发源地!中科院团队基因追踪 “零号病人” 再进一步》。_
(图源:来自该节目)
前述东森节目认为,既然美国发现了更古老的单倍型 H38 的病毒样品,加上在单倍型分组中,美国样本虽少但覆盖了 ABCDE 等 5 个组,而中国的病毒样本只覆盖了 4 个组,湖北省的样本更是只有 2 个组。该节目的嘉宾据此认为,新冠病毒更可能来源于美国。
然而该节目断章取义了。多位业内人士对 DeepTech 表示,台湾节目提到的依据更多是上述研究中的样本缺陷造成的,再加上美国首例确诊新冠患者有武汉旅行史,那么就根本不能得出新冠病毒源于美国的结论。
断章取义的推论
样本受限,这很可能是没有从武汉样本中发现单倍型 H38 病毒样品的原因。DeepTech 此前的报道也提及为何现有武汉样本中没有检测到 H13 和 H38 单倍型,论文作者推测可能是因为现有样品主要采自几家定点医院,而且样品采集时间局限于 2019 年 12 月 24 日和 2020 年 1 月 5 日。
第二个反驳东森节目看法的依据是,单倍型 H38 的病毒携带者有武汉旅行史。单倍型 H38 的病毒样品携带者是美国首例新冠患者,他是在前往中国武汉旅行后发病的。这名患者是一名 30 多岁的男子,他于 1 月 15 日返美,1 月 19 日去急诊诊所时已经咳嗽 4 天,1 月 20 日,核酸检测结果为新型冠状病毒阳性。
有专家评论说,美国首例新冠患者有武汉旅行史,如果对病毒取样没有偏倚的话,那么疫情源自美国的说法自然就不攻自破了。
实际上,东森节目邀请的两个嘉宾并非生命科学背景。
其一是朱学恒,作家、翻译家。毕业于台湾国立中央大学,曾翻译《龙枪》系列(第三波出版)《魔戒三部曲》《哈比人历险记》《星际大战》等等。
其二是潘怀宗,现任阳明大学医学院药理学教授、新党台北市议员(士林区、北投区)。他毕业于台湾东吴大学化学系,是美国埃默里大学的神经化学及分析化学博士。
上述节目中还提到了国家卫健委高级别专家组组长、国家呼吸系统疾病临床医学研究中心主任钟南山的说法,这也成为其推论的依据之一。
2 月 27 日,钟南山院士在广州市政府举办的疫情防控专场新闻通气会上称:对疫情的预测,我们首先考虑中国,没考虑国外,现在国外出现一些情况,疫情首先出现在中国,不一定是发源在中国。
这就引起不少人联想。流行病学专家、牛津大学终身教授陈铮鸣在接受《中国慈善家》采访时表示不赞成钟南山院士的说法,“那个说法没有科学依据,而且助长了一种阴谋论的谣言的散播”。
陈铮鸣认为,全世界所有的病例头几例都与武汉有密切关系,包括美国。这条脉络非常清楚,至于是不是华南海鲜市场需要探索。我们讲要循证,“要有科学的依据,不能捕风捉影、以讹传讹,媒体和科学家都要以科学、负责的态度说话”。
正如 “武汉华南海鲜市场可能不是新冠疫情发源地” 这一结论,是有流行病学研究佐证的。1 月 24 日《柳叶刀》上的研究中,中国研究人员追踪了第一批 41 个确诊病例,发现有 13 个病例与海鲜市场无接触史。
科学家推测,第一批人类感染是在 11 月发生的,因为在感染和症状浮出水面之间要有一段潜伏的时间。该病毒可能会在武汉和其他地方的人们之间已经有了悄无声息的传播,直到 12 月下旬出现华南海鲜市场的大量病例。
系统发生树的证据
新冠病毒在宿主中快速复制后,传播到另一宿主体内。随着病毒自我复制和传播,随机突变(即拷贝 RNA 时的错误)会在基因组中累积。具有相同突变的序列在来源上会更紧密相关。这种随机突变可以帮助追踪病原体的传播,并了解其传播途径和动态。西双版纳热带植物园领衔的研究正是依据此理论。
不过多位学者指出,样本问题是一个大硬伤。作为最大疫情暴发地的武汉只有 22 个病毒样本数据,而确诊病例少得多的其他国家和省份却有 70 多个样本数据,那么前者难以代表武汉的病毒数据。生物化学博士方舟子的看法更加严厉,他说,如果取样受限,那么西双版纳热带植物园的研究是不应该进行的。
一位中国科学院从事遗传学研究的学者告诉 DeepTech,可以很容易通过系统树来判断美国出现的时间是否早于武汉的样本。
1 月 30 日,专业进行病原体基因组数据的网站 Nextstrain 发布的新冠病毒基因组传播分析报告中指出,所有新冠状病毒的最近共同祖先极有可能出现在较短的时间内。
图 | 网站 Nextstrain 发布的新冠病毒系统发生树,可见中国样本(紫色)更接近祖先“树根”,而美国样本(红色)更远离“树根”。
根据系统发生树,疫情是由一次病毒爆发,即先由单一的人畜共患病引入到人类群体中,之后再在人与人之间流行传播,而中国的病毒样本序列显然更接近最近的祖先(树根)。这就说明,美国病毒样本出现时间晚于中国的病毒样本。
2 月 25 日,瑞士巴塞尔大学的进化生物学家理查德 · 内尔(Richard Neher)在接受《科学家》(_The Scientist_)采访时表示,新冠病毒大约每个月产生 1 个突变,所有基因组序列非常相似,整个 3 万个碱基中产生了 8 个突变。并且,病毒来自同一个源头,时间大约在 11 月中旬到 12 月初。他是 Nextstrain 网站的共同创始人。
当然,并不能说中国的新冠病毒突变都能囊括其他国家发现的突变,病毒在传播过程中会发生基因组变异,这种变异的频率在新冠状病毒这种单链 RNA 病毒中更加高,所以美国病毒毒株很可能已经发生了新的变异。
上述中国科学院学者解释说,中国新冠病毒的多个变异株都出现最早,遗传多样性是全世界所有地方最高的,多样性分布也是最广的,在没有新的、更多的强证据之前,就可以认为中国是新冠疫情的发源地。
他同时提醒,在新冠病毒溯源问题上,如西双版纳热带植物园领衔的这类未经同行评议的基因组学研究可能会导致众说纷纭的印象,这可能是取样缺陷和分析不够规范造成的。他建议采用严谨的分子流行病学方法,可为病毒的传播和演化,从而追溯病毒起源提供更为专业的结论。
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